Der Köpernitzer See ist ein Wannensee im südlichen Bereich des Stechlinseegebietes gelegen. Sein gesamtes Ufer ist mit dichtem Röhricht bewachsen. Ausnahme bildet die Bootsanlegestelle am Westufer, sowie einige kleine Angelstellen rund um den See und die Badestelle am Ostufer. Die Seenfläche beträgt ca. 25 ha, mit einer max. Tiefe von 4 m. Die durchschnittliche Tiefe ist ca. 2,1 m, wobei das Ostufer kiesig mit dünnem Röhricht bewachsen und das Nord- und Südufer sumpfig in seichten Buchten auslaufend ist. Diese bieten den Weißfischen (Blei, Plötze, Karpfen, Karausche) extrem gute Vermehrungsmöglichkeiten. Gespeist wird der See durch den Kleinen Rhin, welcher aus dem Törnsee bzw. Dollgowsee kommt und einem kleinen Zufluss aus dem Dunkelsee hat. Die Unterwasserpflanzenwelt ist nicht stark entwickelt, aber es gibt sehr große Bestände an Seerosen, diese bieten den vorkommenden Fischen, wie Hecht, Barsch, Aal, Zander, Schleie, Bleie, Güster, Karpfen, Plötze, Rotfeder, Karausche, Ukelei und Gründling gute Einstände und Ernährungsmöglichkeiten. Damit gehört er zu den fischartenreichsten Gewässern des NSG Stechlin. Entwässert wird er durch den Kleinen Rhin in Richtung Köpernitzermühle.